Kelas Reguler merupakan kelas dengan menggunakan sistem pendidikan yang memberikan pelayanan pendidikan secara klasikal massal kepada siswa artinya dengan tidak memberikan pengelompokan/pembedaan khusus atas dasar kemampuan, prestasi, akan tetapi pembagian kelas secara merata dari segi kuantitas.

Kelas ICT (Information, Comunication, and Technology) merupakan kelas dengan menggunakan sistem pendidikan yang memberikan pelayanan pendidikan secara klasikal massal kepada siswa dengan memberikan tambahan pengembangan keterampilan dalam bidang teknologi dan informasi. Kelas ICT merupakan kelas unggulan yang dimiliki SMP Muhammadiyah 4 Yogyakarta dengan memberikan persyaratan khusus atas dasar kemampuan, prestasi, minat dan bakat dari siswa. 

Kelas Bahasa merupakan kelas bahasa yang ada di SMP Muhammadiyah 4 Yogyakarta bertujuan untuk mengasah kemampuan berkomunikasi siswa dalam bahasa asing untuk kehidupan global.

Kelas Tahfidz merupakan kelas tahfidz SMP Muhammadiyah 4 Yogyakarta bertujuan membina siswa menghafal, memahami, dan mencintai Al-Qur'an sebagai bekal akhlak mulia untuk bermasyarakat dalam kehidupan sehari-hari."